肛乳頭瘤的發生主要與肛竇炎有著密切的關系，二者互為因果。對肛竇炎的病因，中西醫觀點不盡相同。
中醫認為，本病多因飲食不節，過食甘肥、辛辣、醇酒等刺激性食物而致，或因泄瀉、痢疾等濕熱之邪下注大腸，蘊結肛門，或因腸燥便秘、肛門擦傷染毒而致。
現代醫學認為，本病的發生與局部解剖特點及肛竇的特殊形狀密切相關。肛竇位于齒狀線兩個肛柱之間、肛瓣之后，呈開口向上的漏斗狀凹陷小窩，故常有糞渣和異物進入肛竇內而受感染，尤其是大便干結時，由于糞塊磨損肛瓣，造成細菌侵犯，引起肛竇發炎，使炎癥日益加重。另外，肛竇本身就有引流不暢和易被堵塞的特點，故一旦受到細菌侵犯，不易被清除。因此，糞便積存在肛竇內，就有利于細菌的侵入和繁殖，從而導致受侵犯的肛竇產生炎癥、水腫及滲出液增多，并隨侵犯的部位不同而引起不同類型的肛腸疾病
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