肝內膽管結石可引起嚴重并發癥，是良性膽道疾病死亡的重要原因。肝內膽管結石常并發膽管梗阻，容易誘發局部感染及繼發膽管狹窄，使結石難以自行排出，病情遷延不愈。
肝內膽管結石病的慢性期并發癥包括全身營養不良、貧血、低蛋白血癥，慢性膽管炎和膽源性肝膿腫，多發性肝膽管狹窄，肝葉纖維化萎縮，膽汁性肝硬化、門脈高壓癥，肝功能失代償，以及與長期膽道感染和膽汁滯留有關的遲發性肝膽管癌。肝內膽管結石病的慢性期并發癥既增加了手術的困難，也影響手術效果。
肝內膽管結石病的急性期并發癥主要是膽道感染，包括重癥肝膽管炎、膽源性肝膿腫及伴隨的感染性并發癥。感染的誘因與結石的梗阻和膽道的炎性狹狹窄有關。急性期并發癥不僅死亡率高，而且嚴重影響手術效果。
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