輪狀病毒感染
秋季腹瀉主要由于輪狀病毒感染。傳染源來自患者、隱性感染者及帶病毒者。急性期患兒糞便中含有大量病毒，病后第3-4天排病毒量最多。輪狀病毒傳染性強，可通過密切接觸途徑傳播或流行，也可通過呼吸道傳播。
喂養不當
對于小寶寶來說，秋季腹瀉很大一部分原因是由喂養時所用的器皿消毒不佳或未經消毒引起。大一點的孩子，多因食物攝入的不衛生引起。因此，小寶寶最好采用母乳喂養，在喂奶前，媽媽應將乳房擦洗干凈；人工喂養的寶寶要特別注意奶具的消毒和奶粉變質；大一點的孩子應勤洗手，多注意飲食衛生。
溫差較大
入秋時，氣溫會忽冷忽熱，早晚溫差也比較大。如果不注意孩子的保暖，則很容易引起感冒、腹部受涼以及各種感染，此時孩子抵抗力低下，極易引起腹瀉。因此秋天天氣轉涼時，父母應注意及時添減孩子的衣被，避免著涼。
消化系統不成熟
孩子的消化系統發育還不成熟，酶的活性較差，但對營養的需要又相對較高，因此會造成腸道負擔過重。一旦食物稍有偏差，就可能會引起孩子消化功能的紊亂，以致腹瀉。
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