一、局部藥物治療
由于多數疣患者在感染后一兩年內能自行消退，不少患者，即使采用深度破壞性治療方法，仍有1/3疣會復發。因此，對疣的各種局部治療的療效估價應特別慎重，對一些能造成永久性瘢痕的療法，不宜使用。常用的有：
1、細胞毒劑：
①氟尿嘧啶(5-FU)：可用5%5-FU軟膏或5-FU注射劑外用，2次/d涂于疣表面，療效較好?？赡艹霈F的副作用有局部疼痛，皸裂、水腫、過敏反應，流淚，色素沉著及化膿等。
②博來霉素(爭光霉素)病損部位內注射：有人用0.05%～0.1%博來霉素(爭光霉素)生理鹽水溶液或2%普魯卡因溶液作局部病損內注射，治療單個或數個尋常疣或跖疣，根據疣的大小每次注射0.2～0.5ml，1次/周，通常2～3次后，疣損脫落，副作用少。
③0.1%～0.3%維A酸乙醇溶液：局部外用，1次/d或2次/d，治療扁平疣和尋常疣，治愈率分別為83%及39%。副作用有局部輕度燒灼感、紅腫、脫屑及色素沉著。
2、其他局部用藥：20%碘苷溶液治療甲周疣；二硝基氯苯治療難治疣的部位上誘發的接觸性皮炎；3%甲醛溶液局部濕敷或浸泡，1次/d，每次15min，連續4～8周治療跖疣；25%補骨脂酊、30%骨碎補酊外擦治療扁平疣等均有一定療效。
二、全身治療
目前全身治療方法很多，但療效皆難以肯定。
1、抗病毒及免疫調節治療：采用干擾素α、阿昔洛韋、左旋咪唑等藥物治療，此類藥物是有抗病毒、抗增生和免疫調節作用，認為治療效果較優。尤其對腔道內濕疣或亞臨床感染者更為適用。
2、氧化鎂治療：0.5g/次，3次/d，或烏洛托品0.3～0.5g/次，3次/d，認為對扁平疣效果較優。
三、物理治療
冷凍療法、電灼療法以及激光治療已常用于治療各種數目少的疣。治療效果優，對孕婦患者也相對安全。
四、外科手術切除
可用于尋常疣及尖銳濕疣，但手術后常易復發。
五、妊娠期尖銳濕疣的治療
妊娠婦女因體內激素水平的變化，免疫功能低下，胎兒重力壓迫，致外陰充血，分泌物增多，潮濕，更適宜于HPV繁殖，故妊娠期尖銳濕疣應及早治療，多以局部物理治療或三氯醋酸外涂，避免使用細胞毒性藥物，對有較大的尖銳濕疣患者應規勸其終止妊娠，避免胎兒經產道感染，分娩應采取剖宮產術。
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