沙眼衣原體僅侵入瞼結膜及穹隆結膜上皮細胞，但引起的病理變化則達深部組織。首先表層上皮細胞表現變性脫落，而深層者則增生，隨著病程發展，上皮細胞增生很快，使上皮層不再平滑，而形成乳頭。乳頭的實質里有擴張的微血管、淋巴管與淋巴細胞。
于此同時結膜上皮下組織即發生彌漫性淋巴細胞浸潤，同時有限局性聚集，形成濾泡。濾泡中央部有很多淋巴母細胞、巨噬細胞及網織細胞，其周圍則為大量的小淋巴細胞。承受病程的進展，濾泡發生變性，繼而結締組織增生形成瘢痕。
瞼板亦有彌漫性淋巴細胞浸潤而致肥厚，嚴重者結締組織增生，使之變形。角膜血管翳皆自上方角膜緣開始，角膜微血管擴張并向角膜中央部分發展，伴有細胞浸潤，初位于淺層，繼則向角膜下方及深層發展。初呈垂簾狀，嚴重者可侵及全部角膜。
沙眼的幾種癥狀如下：
1、角膜混濁
假如倒睫持續摩擦角膜，看起來本應清亮發白，這就叫做角膜混濁。
2、炎癥濾泡
這是沙眼的第一癥狀，最為常見于兒童，有眼紅、黏性物、眼癢、眼痛等不適感，眼瞼結膜面（將眼瞼翻過來看）有叫做濾泡的小白點。
3、沙眼性瘢痕
經過反復的感染可見第三個癥狀即眼瞼的結膜面出現瘢痕體征眼瞼結膜面看起來像白色條紋。
4、沙眼性劇烈炎癥
當上眼瞼結膜面嚴重紅腫、炎癥性增厚使血管模糊時，第二個癥狀沙眼性劇烈炎癥就能夠被確認。
5、沙眼性倒睫
當瘢痕引起眼瞼內層增厚與眼瞼形態改變時，它向下牽拉睫毛指向眼球，睫毛摩擦角膜，這叫做倒睫，即出現沙眼性倒睫。(實習編輯:張曉雪)
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