以細菌和病毒引起者最為常見。少數腸炎病因不明。細菌性腸炎的致病菌以痢疾桿菌最常見，其次為空腸彎曲菌和沙門氏菌。在病毒性胃腸炎中，輪狀病毒是嬰幼兒腹瀉的主要病因，而諾瓦克病毒是成人和大齡兒童流行性病毒性胃腸炎的主要病因。寄生蟲引起的腸炎以溶組織內阿米巴較為常見。真菌性腸炎以白色念珠菌引起的最多。 此外，休息無規律和精神過度緊張也是引起此病的一個原因。
腸炎的原因較多，主要原因如下：
病毒性腸炎
病毒性腸炎見于犬瘟熱病毒、犬細小病毒、犬貓冠狀病毒、貓泛白細胞減少病病毒等引起的腸炎。
細菌性腸炎
細菌性腸炎見大腸桿菌、沙門氏菌、耶爾森氏菌(引起小腸結腸炎)、毛樣產芽胞桿菌、空腸彎曲桿菌、梭菌(犬出血性胃腸炎)等引起的腸炎。
真菌性腸炎
真菌性腸炎見組織胞漿菌、藻狀菌、曲霉菌、白念珠菌等引起的腸炎。
寄生蟲性腸炎
寄生蟲性腸炎見鞭毛蟲、球蟲、弓形蟲、蛔蟲、鉤蟲等引起的腸炎。
飲食導致的腸炎
采食異物、污染或腐敗變質食物、刺激性化學物質(毒物或藥物等)、某些重金屬中毒，以及某些變態反應(嗜酸性細胞性腸炎、漿細胞淋巴細胞性腸炎)等都能引起腸炎。
藥物導致的腸炎
濫用抗生素，改變了腸道存在的微生物區系，或出現耐抗生素菌株而引起的腸炎。(實習編輯:王楠)
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