預防菌群失調癥的關鍵在于合理使用抗生素，避免濫用或長期使用，可用可不用者不用，可用窄譜則不用廣譜。對年老體弱、慢性消耗性疾病者，使用抗生素或者激素時，要嚴格掌握適應癥。最好能作藥物敏感試驗，選擇最敏感的抗生素。
在用抗生素的同時，可口服乳酶生和維生素。老幼病后衰弱者，在用抗生素的同時，可口服乳酶生、維生素b族及維生素c等，以防腸道菌群失調。在大手術前，應注意配合全身支持療法，如給予高營養、服維生素類藥物及輸血等。
關于正常腸道菌群的恢復，輕型病例停用抗生素后任其自行恢復即可。嚴重病例可口服乳酸桿菌制劑 (如乳酶生、乳酸菌素片)、維生素c及乳糖、蜂蜜、麥芽糖等以扶植大腸桿菌；口服葉酸、復合維生素b、谷氨酸及維生素b12以扶植腸球菌；亦可用健康成人糞濾液保留灌腸，以引入正常菌群。（實習編輯：楊薇）
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