腸易激綜合征的病因和發病機制尚不十分清楚，被認為是胃腸動力異常、內臟感覺異常、腦腸調控異常、炎癥和精神心理等多種因素共同作用的結果。
1.胃腸道動力紊亂
腸道動力變化是IBS 癥狀發生的重要病理生理基礎。以腹瀉為主的IBS患者呈腸道動力亢進的表現，小腸傳輸時間顯著縮短，結腸動力指數和高幅推進性收縮的均值和最大值均明顯提高。便秘型IBS則正好相反，表現為腸道動力不足。
2.腸道感染與炎癥反應
研究顯示，急性腸道感染后發生IBS的幾率大大增高，因此腸道急性感染被認為是誘發IBS的危險因素之一。腸道感染引起的黏膜炎癥反應，通透性增加及免疫功能激活與IBS發病的關系值得進一步研究。
3.內臟感覺異常
研究發現IBS患者多數具有對管腔（直腸）擴張感覺過敏的臨床特征，其平均痛覺閾值下降，直腸擴張后的不適程度增強或有異常的內臟-軀體放射痛，提示脊髓水平對內臟感覺信號處理的異常。
4.中樞感覺異常
研究表明，IBS患者其內臟疼痛的中樞通路與正常人有所不同，且腹瀉型IBS與便秘型IBS之間的大腦反應區也有所不同。
5.腦-腸軸調節異常
IBS患者存在中樞神經系統對腸道傳入信號的處理及對腸神經系統的調節異常。
6.精神心理因素
IBS患者常有焦慮、緊張、抑郁等心理異常。同時精神心理應激也可誘發或加重IBS癥狀，說明精神心理因素與IBS有密切的關系。
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