慢性扁桃體炎在身體受涼受濕、全身衰弱、內分泌紊亂、自主神經系統失調或生活及勞動環境不良的情況下，容易形成病灶，引起許多嚴重疾病。如心血管系統疾病、腎臟疾病、關節疾病、闌尾炎、膽囊炎、及毒性甲狀腺腫等。
此外，已有慢性炎癥的扁桃體也是外界細菌侵入機體的重要門戶，促使發生各種疾病或使原有疾病加重。兒童時期慢性扁桃體炎的反復發作，不但引起并發病的機會甚多，且可影響身體發育。
有關病灶發生機制的學說甚多。目前多數學者傾向于變態反應之說。即存在于病灶器官(如腭扁桃體)中的病原體或毒素可作為異體抗原，使體內產生特異性抗體。同時，病灶器官本身的實質細胞因感染而損傷，脫落離體，又可作為自體抗原，使體內產生自體抗體。此后，當再有抗原(如細菌)侵入或有更多的自體抗原形成時，則抗原與抗體結合而發生變態反應或副變態反應。此種反應尤易發生在某些抗體與其細胞緊密結合的器官或組織內，從而引起各種病灶性疾病，如風濕病、血管球性腎炎、風濕性心臟病等。近年來也有人認為，病灶性疾病的發生，可能與腺病毒感染或腺病毒和鏈球菌的混合感染有關。
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