由于目前沒有特效的抗病毒藥物，尖銳濕疣的治療必須采用綜合治療。
1、藥物療法
（1）足葉草脂本療法適用濕潤區域的濕疣，例如發生于包皮過長而未曾作包皮環切除手術的龜頭及會陰部的濕疣。但對宮頸尖銳濕疣不能用足葉草脂治療。用20%足葉草脂酊劑涂到皮損處或用藥前，先有油質抗菌藥膏保護皮損周圍的正常皮膚或黏膜，然后涂藥，用后4～6小時，用30%硼酸水或肥皂水清洗，必要時3天后重復用藥，該藥是國外用于本病治療的首選藥，一般用一次可愈。但有很多缺點，如對組織破壞性大，使用不當可引起局部潰瘍。毒性大，主要表現為惡心、腸梗阻、白細胞及血小板減少，心動過速、尿閉或少尿，故使用時必須謹慎，發現上述反應時，應立即停藥。
（2）抗病毒藥可用5%酞丁胺霜劑，或用0.25%皰疹凈軟膏，每日2次，外涂。無環鳥苷口服，每日5次，或用其軟膏外用，α-干擾素每日注射300萬單位，每周用藥五天。或干擾素注入疣體基部，每周2次。連用2～3周，主要副作用為流感樣綜合征，局部用藥副作用較少且輕微。
（3）腐蝕劑或消毒劑常用有30%～50%三氯醋酸或飽和二氯醋酸，或18%過氧乙酸。用10%水楊酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸餾水100ml混合溶液，點涂局部，用于龜頭、肛周濕疣，每日或隔日一次，效果甚好。消毒劑可用20%碘酊外涂，或2.5%～5%碘酊注射于疣體基部，或用新潔爾滅外涂或以0.1%～0.2%外敷，后者需配合全身療法。
2、冷凍療法
利用-196℃低溫的液體氮，采用壓凍法治療尖銳濕疣，促進疣組織壞死脫落，本法適用于數量少，面積小的濕疣，可行1～2次治療，間隔時間為一周。
3、激光治療
通常用CO2激光，采用燒灼法治療尖銳濕疣，本療法最適用女陰、陰莖或肛周的濕疣。對單發或少量多發濕疣可行一次性治療，對多發或面積大的濕疣可行2～3次治療，間隔時間一般為一周。
4、電灼治療
采用高頻電針或電刀切除濕疣。方法：局部麻醉，然后電灼，本療法適應數量少，面積小的濕疣。
5、微波治療
采用微波手術治療機，利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳濕直達疣體基底，當看到就體變小、顏色變暗、由軟變硬時，則熱輻射凝固完成，即可抽出探頭。凝固的病灶可以用鑷子挾除。為防止復發，可對殘存的基底部重復凝固一次。
6、β射線治療
我們應用β射線治療尖銳濕疣取得了較為滿意的效果，該方法療效高，無痛苦、無損傷、副作用少，復發率低，在臨床上有推廣價值。
7、手術療法
對于單發、面積小的濕疣，可手術切除；對巨大尖銳濕疣，可用Mohs氏手術切除，手術時用冷凍切片檢查損害是否切除干凈。
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