傷口感染處理取決于感染的部位以及嚴重程度，若在培養中意外發現梭狀芽胞桿菌而無厭氧菌感染的臨床表現，則不必治療。
但若出現臨床感染，則應憑經驗迅速及時地應用抗生素。青霉素G仍是抗梭狀芽胞菌的首選藥物，對嚴重蜂窩織炎和肌肉壞死癥，應立即給1000萬~2000萬u/d靜脈滴注。雖然耐藥性罕見，但某些分枝梭狀芽胞桿菌菌株已發生相對耐藥性。治療梭狀芽胞桿菌感染時，甲硝唑有相同的療效。而氯霉素和甲硝唑對大多數厭氧菌有效，包括梭狀芽胞桿菌和某些對紅霉素，四環素和克林霉素耐藥的菌株。若存在其他厭氧菌或需氧菌，則應早期應用廣譜抗生素(如替卡西林與克拉維酸鉀合用或氨芐青霉素與舒巴坦合用)。第3代頭孢菌素或克林霉素與氨基糖苷類合用，可用于某些梭狀芽胞桿菌混合感染，但這些抗生素的療效相對差些，并且，梭狀芽胞桿菌已對氨基糖苷類產生耐藥性。
對于傷口較深、分泌物多的傷口：可用3%雙氧水沖洗后，用4%慶大霉素溶液或0.1%雷夫奴爾溶液浸濕的紗布條或紗布充填，堅持換藥直至愈合。
對于一些已經產生了組織壞死，長期不能消除的潰瘍創面，清創相對于抗生素更加重要。把創面壞死組織清理干凈之后，清理后堅持換藥治療，如果長期不能愈合搭配濕敷收口方或是考慮皮瓣移植手術。
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