首先是消毒不嚴、管理不善的牙簽易引起疾病。任人抓取的牙簽上附帶的各種各樣的細菌、病毒會通過牙簽進入人體內，據衛生部門化驗，一根小小的牙簽上竟“藏”著幾萬個細菌。

其次是牙簽使用不當，將導致牙周疾病。如果無塞牙現象而亂剔牙或牙簽使用不當就會造成牙齦炎、牙齦萎縮、牙間隙增大而導致牙周疾病，切不可將牙簽用力壓入牙間乳頭區，因為這樣會使本來沒有間隙的牙齒間隙增大造成牙周病。

第三，叼含牙簽不慎可能危及生命。有消費者因叼含牙簽不小心吞進肚內，把小腸穿破，經醫院緊急手術開刀才從體內取出，險些丟了性命。

另外，木制牙簽造成木材消耗巨大，同時牙簽生產過程和使用后也對環境造成污染。

最后，選擇使用牙簽時，要選擇軟木制成的產品，表面要光潔無刺、尖端不能太尖，應該圓滑，要選擇包裝較好，有廠名、廠址、衛生許可證號、經過嚴格消毒的正規廠家的產品，沒有放在密閉容器內和可能引起污染的牙簽請不要使用。