器質性便秘則多由臟器的器質性病變引起，消化道疾病，如腸內梗阻、腫瘤、炎癥、痔瘡等；內分泌代謝疾病，如糖尿病、甲狀腺疾病；神經系統疾病，如神經心理障礙、腦卒、脊髓損傷、腦硬化等；系統性疾病，如紅斑狼瘡、硬化病；經常服用藥物和化學品，如抗抑郁藥、抗帕金森藥、利尿劑等都可能會引發器質性便秘。

從兩種便秘的成因看，器質性便秘往往都隱藏著大病，只有治好了原發疾病才能徹底根治便秘，而功能性便秘的危害性不及器質性便秘，但較器質性便秘更為普遍，可以通過藥物、食物理療、運動等多種方式緩解，也許因此生活中得了便秘只有很少人會主動就醫，實際上這樣做或許存在一定的風險。

因為首先，便秘可能與大腸癌有一定的關系，長期便秘加上濫用藥物可能會引起結腸黑色病變，而研究發現結腸黑病變中結腸息肉的發病率非常顯著地高于其它人群，因結腸息肉是一種明確的癌前病變，因此不得不引起人們的重視。其次，假如是器質性便秘，往往隱藏著大病的風險，也不可不防。最后，便秘即使不會引起大病，還是可能會使人小恙不斷，比如腹痛、長痘、肥胖、情緒低落等，長期困擾人們的工作生活。所以出現便秘、長期便秘，尤其因便秘而引起便血、貧血、消瘦、發熱、黑便、腹痛的，以及有過腫瘤家族史的千萬要提高警惕，及時就醫，以防有大病發生。