男女性別的差異性不僅表現在良性特征，在很多方面也會出現不同反應，比如對藥物副作用的體現。近期，美國食品和藥品管理局(FDA)新藥辦公室副主任桑德拉·奎韋德發表博客表明，藥物會因男女性別不同而產生差異性。藥物的吸收和代謝不僅因為病癥的程度有差異，性別不同也會出現各種差異情況，出現副作用的風險各異。
特殊時期慎用藥。生理結構上的區別讓男性和女性都有一些用藥的特殊時期，需要引起注意。女性的子宮內膜會周期性脫落，形成月經。在經期及月經來潮前幾天，女性應該避開一些藥。如激素類藥物會影響內分泌系統，在月經期間服用容易引起月經周期、行經時間及經血量異常;阿司匹林會使月經量增多;香豆素、肝素、溶栓劑等抗凝藥不宜在經期使用，否則可能引起大出血。此外，經期還應慎用陰道栓劑。中年后，男性的前列腺功能逐漸退化，而撲爾敏附帶的抗膽堿作用會使膀胱逼尿肌松弛、收縮力降低，加重前列腺增生的癥狀，讓排尿更加困難。建議中老年男性應慎用撲爾敏，以防其對前列腺的影響。
調整劑量。女性對唑吡坦類安眠藥的體內清除速度明顯慢于男性，對該類藥物的副作用更敏感，第二天的覺醒度降低，尤其是清晨的駕駛風險升高。美國FDA因此建議將女性該藥的起始用量減半(即5毫克)。
調整用藥間隔時間。成年女性體內脂肪含量平均為16.5千克，男性為13.5千克，因此，女性服用脂溶性藥物后，利用度更高;研究發現，青春期前女性服鐵劑后，45%能進入紅細胞發揮作用，男性僅為35%。對于這些藥物，男性可遵醫囑增加藥量或縮短用藥間隔，以更好發揮藥效。女性的痛覺更敏感，往往需要稍大劑量的止痛藥，才能獲得和男性一樣的止痛效果，可在醫生指導下縮短用藥間隔，但不可過于頻繁使用;很多抗凝藥在體內需要和蛋白質結合才能有效發揮作用，而男性通常肌肉較多，服這類藥的效果較好，一般不建議縮短間隔使用。
用藥后的處理。哮喘噴劑用后要漱口，否則激素可能在體內長期累積。更年期女性的內分泌發生變化，容易出現骨質疏松，用藥后更需要注意此問題。女性服用避孕藥等藥物時，要做好防曬工作，盡量避免在陽光強烈的時間出門，最好涂抹防曬霜，必要時打遮陽傘。停用這類藥物3～5天內，仍要注意防曬。男性使用四環素等藥物時，也應注意類似問題。
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