近年來國內外臨床試驗證實，益生菌酸奶可以改善胃腸不適等癥狀，但有關專家提醒，食用含益生菌酸奶應注意“三忌”：加熱、空腹和過量。
益生菌要在一定溫度下才能保持活性，因此一般要冷藏。中國疾控中心營養與食品安全所教授、中國營養學會副理事長楊月欣指出，喝酸奶時如果加熱，益生菌的作用就會受到影響。
同時，她指出，如果想用酸奶來解決便秘、消化吸收不好等問題，吃酸奶時也不能空腹，因為空腹時酸奶會和胃酸直接接觸，胃酸會把益生菌殺死，難以起到調節腸道菌群的作用。
針對食用益生菌酸奶是不是多多益善的問題，專家表示，并不是越多越好，一方面是吃多了益生菌在腸道中也不能存活，另一方面還要考慮胃的生理功能和承受能力。
盡管益生菌的作用已得到科學界認定，但中國疾控中心營養與食品安全所教授羅雪云指出，迄今我國尚無益生菌酸奶的標準，益生菌酸奶的標識、標簽以及市場都亟須規范。“如果聲稱酸奶含有益生菌，首先必須有臨床試驗證明酸奶中有活的、足夠量的、對人體有益的菌株。”
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