病因尚不明確，大多數研究者認為免疫系統在其中充當了重要角色，也許這種疾病來源于免疫系統的遺傳問題，也許一種病毒刺激肌體產生主動免疫反應，此過程中免疫系統對自身組織形成傷害，因為他錯誤地認為自身組織為異己成分，也有人曾設想某種影響免疫系統的極度的情緒波動或物理創傷可以引發多發性硬化癥。
也有人認為飲食因素可能是致病原因，有些學者對北部地區多發性硬化癥高發原因的解釋中記載了那里的人們喜食烤肉，奶制品和高飽和脂肪食品，多發性硬化癥病人吸收不飽和脂肪酸的能力低于常人，不飽和脂肪酸在肌體加工處理所有食物，特別是飽和類脂肪中起重要作用，其結果是在他們系統中飽和類脂肪過剩，已經設計出許多治療飲食來糾正這種失衡，而且有些飲食方案已獲得成功，但尚沒有一種飲食可被當作治療的手段。
一些學者懷疑環境因素是致病的原因，列舉出的致病因素包括有礦脈，殺蟲劑，柴油機的氣體，自來水中的化學物質，化學溶劑，家庭用燃氣，熱水器發出的氣體以及一氧化碳的污染。（實習編輯：權小龍）
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