1.病毒
病毒不具備細胞結構，根據(jù)核酸成分的不同分為兩類：一為脫氧核糖核酸病毒（DNA病毒）：包括微小病毒、乳頭多瘤空泡病毒（引起進行性多灶性白質(zhì)腦病）、腺病毒、皰疹病毒、水痘-帶狀皰疹病毒。另一為核糖核酸病毒（RNA病毒）：包括微小核糖核酸病毒（脊髓灰質(zhì)炎病毒、柯薩奇病毒、ECHO病毒）、蟲媒病毒、正黏病毒（流行性感冒病毒）、副黏病毒（麻疹病毒和腮腺炎病毒）、沙粒病毒（淋巴細胞脈絡叢腦膜炎病毒）、彈狀病毒（狂犬病病毒）。病毒性腦炎按起病緩急可分為急性、亞急性和慢性腦炎。按病毒種類和感染途徑可分為蟲媒病毒、腸道病毒、呼吸道病毒、皰疹病毒腦炎等。根據(jù)發(fā)病情況又可分為流行性、散發(fā)性腦炎。一般認為急性腦炎代表急性病毒感染，而亞急性或慢性發(fā)病的如亞急性硬化性全腦炎、皮質(zhì)紋狀體脊髓變性代表慢性病毒感染。
2.其他
細菌（桿菌狀巴爾通體（奧羅亞熱）、巴爾通體及該屬其他種類細菌（貓抓病）、單核細胞增多性李斯特菌、肺炎支原體、革蘭陽性棒狀桿菌、結核分枝桿菌）、立克次體（粒細胞埃克次體、Q熱立克次體、查菲埃立克次體、立氏立克次體、伯氏疏螺旋體、梅毒螺旋體）真菌（球孢子菌、新型隱球、莢膜組織胞漿菌）、寄生蟲（阿米巴屬、惡性瘧原蟲、弓形蟲、布氏錐蟲岡比亞亞種、布氏錐蟲伊氏亞種、浣熊貝利斯蛔蟲、顎口線蟲屬、豬帶絳蟲）等都可引起腦炎。
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