早期先天性梅毒的診斷可以通過從皮膚或粘膜損害處的刮片，在顯微鏡暗視野下見到梅毒螺旋體確定。如果這不能作出明確的診斷，應作sts檢查，以及腦脊液細胞計數，蛋白定量，性病研究實驗室試驗（vdrl）和長骨x線攝片。
由于大多數新生兒在嬰兒室期間沒有疾病和體征，因而那些在懷孕前或懷孕時有性傳播性疾病史的母親應作血清學檢查。非特異性（反應素抗體）陽性和特異性（密螺旋體）血清學陽性結果，可由于母親igg通過胎盤的被動轉運造成。美國疾病控制中心（cdc）有診斷早期先天性梅毒的指南，并對診斷或疑似病例作出分類。熒光密螺旋體抗體吸附免疫球蛋白（fta-abs）試驗的價值尚有爭議，但已用于新生兒的診斷。
晚期先天性梅毒的診斷通過臨床病史，特征性體征和血清學試驗陽性）。哈欽森三聯癥：間質性角膜炎，哈欽森門牙及第8對顱神經性耳聾具有診斷價值。有時標準的梅毒血清試驗陰性，梅毒密螺旋體免疫試驗也是陰性，但通常fta-abs試驗陽性。對不明原因的耳聾，進行性智力退化或角膜炎者，應懷疑是先天性梅毒。（實習編輯：小雨）
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