大多數患者經過適當治療后痊愈，不遺留任何癥狀或體征。極少數患者在急性期因嚴重心律失常、急性心力衰竭和心源性休克而死亡。
部分患者經過數周或數月后病情趨地穩定，但有一定程度的心臟擴大、心動能減退、心律失常或心電圖變化，此種情況歷久不變，大致為急性期后心肌疤痕形成，成為后遺癥。
還有部分患者由于急性期后炎癥持續，轉為慢性心肌炎，逐漸出現進行性心臟擴大、心功能減退、心律失常，經過數年或一、二十年后死于上述各并發癥。
各階段的時間劃分比較難定，一般可以6個月以內為急性期，6月至1年為恢復期，1年以上為慢性期。急性期不明確的慢性患者與心肌病難區分，據當前認識與已有證據，有一部分心肌病是由心肌炎演變而來。
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