中耳炎主要治療方案是選擇有效的抗生素藥物，常用青霉素、紅霉素、阿奇霉素、頭孢霉素等，要求劑量足夠、療程至少1周以上。其他尚有耳朵局部的處理措施，如清洗、引流膿液、耳用抗生素藥物滴劑和少量耳用粉劑等。  

在醫生的指導下用抗生素，不宜擅自停藥，目前來說，若是兩歲以下的寶寶，使用口服抗生素對抗中耳炎，療程約為10天；兩歲以上且無并發癥者，則建議5～7日，但仍需視患者對抗生素治療的臨床反應來調整。

此外，家長的配合度及孩子是否按醫囑服藥，如每日服用藥物的次數、劑型及味道等，都是影響療效的因素。故父母絕對要遵守醫生的指示。如果寶寶不喜歡藥水的味道，或是難以服藥，可選用味道較佳的糖漿型藥物，或是改以肌肉注射來代替。另外，需注意藥物服用完畢后，應再回醫院復診，以確定治療是否有效，是否需更換藥物，或是需更久的療程，治療一定要徹底，以免留下反復感染，影響聽力的后遺癥。

有30～70%的寶寶，在使用抗生素治療急性中耳炎10～14天后，會產生中耳積液，大部分的積液會在3個月內，自動經人體吸收、消失，對健康無太大的影響，不需過分擔心。如果寶寶只有中耳積液，沒有其他癥狀，可建議先采用追蹤觀察的方式，即每1個月或1個半月，做1次耳鏡檢查；而在追蹤其間，應改善家庭環境，如盡量避免接觸環境里的香煙；減少使用安撫奶嘴；不要躺著喂奶或母乳等。