橫紋肌突觸后膜nAChR自身免疫性疾病
神經肌肉接頭是通過接受乙酰膽堿（ACh）及煙堿等興奮性遞質傳遞與肌膜受體結合，導致離子通道開放，Na離子內流，肌膜去極化，產生終板電位，肌絲滑行，因而引起肌肉收縮，已知nAChR是造成MG自體免疫應答高度特異性的抗原，nAChR位于神經肌肉接頭部的突觸后膜中，實驗證明MG患者胸腺上皮細胞內含肌原纖維，與骨骼肌存在共同抗原（nAChR），該抗原致敏T細胞，產生抗nAChR的抗體（nAChRab），該抗體對骨骼肌nAchR產生交差免疫應答，使受體被阻滯；并加速nAChR的降解，通過激活補體，使肌膜受到損害，電鏡檢查顯示突觸后膜IgG和C3沉積，用辣根酶標記蛇毒神經毒素電鏡檢測運動終板超微結構顯示：MG病理損害的特征是骨骼肌突觸后膜皺襞表面面積減少，nAChR活性降低，因此出現肌無力癥狀。
T細胞依賴的自身免疫疾病
體液免疫大量研究資料闡明nAchR作為MG的靶子遭到損害，是由nAChRab介導的；而nAChRab對nAChR免疫應答是T細胞依賴性的，T細胞在MG自身免疫應答中起著關鍵作用，nAChRab的產生必須有nAChR特異性CD4＋T細胞的參與，nAChR特異CD4＋T細胞先通過其受體（TCR）對nAChR特異性位點的識別，然后由T輔助細胞（Th）將nAchR主要免疫原區特異性抗體提供給B細胞，促使B細胞分泌高致病性的nAChRab，Th細胞通過分泌細胞因子來實現對nAChRab分泌的調節。
遺傳基因和病毒感染
重癥肌無力是自身免疫應答異常，但啟動自身免疫的病因尚未完全弄清，認為MG發病與人類白血病抗原（HLA）有關，其相關性與人種，地域有關，且存在性別差異，HLA-Ⅱ類抗原（包括D區的DP，DQ，DR等基因產物）在發生自體免疫過程中起重要作用，DQ比DR等位基因對自體免疫疾病更具敏感性，采用PCR-RFLP技術檢測發現我國非胸腺瘤MG與HLA-DQA1*0301基因顯著相關，此外還發現DQB1*0303，DPDL*1910基因相關顯著，說明MG發病與多基因遺傳有關。
MG的發病除了與遺傳基因有關外，還包括外在環境影響，如本病常因病毒感染而誘發或使病情加重。胸腺為免疫中樞，不論是胸腺淋巴細胞（特別是T細胞），還是上皮細胞（特別是肌樣細胞，含有nAchR特異性抗原），遭到免疫攻擊，打破免疫耐受性，引起針對nAchR的自身免疫應答，因此使MG發病。
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