法洛四聯癥是屬于圓錐動脈干的心臟畸形，其主要發生障礙在于胚胎5～6周時圓錐動脈干未產生反向轉動。結果主動脈瓣保持胚胎時位置，位于肺動脈瓣的右側。另外遠側圓錐隔亦保持胚胎時未反向運動的方向，即壁束止于圓錐前壁（代替后壁）。
當近側圓錐吸收和未反向轉動的遠側圓錐隔套入心內時，則右心室流出道小于左側而產生阻塞。在此阻塞的基礎上，圓錐肌肉肥厚又加重原有的阻塞。左肺動脈圓錐發育良好時，漏斗部和肺動脈瓣之間往往形成流出腔（或稱第三心室）或管狀狹窄。
四聯癥室間隔缺損的形成存在兩種情況：①左肺動脈圓錐發育良好時，室間隔各部（可分圓錐部、竇部和小梁部）發育完整。由于圓錐隔向前移位而與位置較正常竇部拿間隔未對攏而形成的間隙稱為嵴下型室間隔②在肺動脈圓錐發育不全時，則有圓錐隔的部分或完全缺如，稱為肺動脈下型室間隔缺損。（實習編輯：楊薇）
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